Если ГРМ (зубчатый). то могли попутать с метками установки ремня и произошло смещение фазы , кстати мощность не упала по очучениям?
При замене колодок (и/или диска) может трясти из-за консервационного масла на самих колодках. Если тормозит нормально то ищите в другом месте. С заменой торм. дисков нужно быть очень аккуратным, можно и не оттормозиться. После замены вообще желательно ездить аккуратно.