puna, Установка двигателя другого типа - это внесение изменений в конструкцию автомобиля. Если делать официально через экспертизу, то документы на двигатель будут нужны. В вашем случае лучше найти знакомых в гаи, которые не будут смотреть марку двигателя. Или "стереть" на двигателе модель и номер.
Если все прокатит, то получите СТС нового образца, в которых уже не пишут модель и номер двигателя.

ЗЫ На будущее: когда покупаете автомобиль, делайте в местном гаи "Акт осмотра транспортного средства". Этот документ выдается за подписью начальника гаи.
Как такой документ получите на руки, тогда только продавцу отдавайте деньги за автомобиль.

ЗЗЫ При постановке автомобиля на учет у себя дома, тащить автомобиль на осмотр не нужно будет, так как у вас уже есть "Акт осмотра транспортного средства".