Что-то спор не о чем. fat и ntfs это все равно что спорить что лучше паравоз или лучше параход.

Вы говорите о разных типах файловых систем.

1. Это каждая ОС предназначена своя файловая система

если Win9X  это fat не важно какой 8-16-32 это изиски для уменьшения потери места на винте и увеличение видимого объема винта.

если Win2k то это ntfs она необходима там где необходима защита, оганичения по квотам.

если Linux это etx2, etx3 что бы долго не обьястять ближе к ntfs по защите но создавалась лет 20 назад.

я не хочу сказать что linux и win2k не поставить на fat, но оно небе надо.

2. Тип файловой системы выбирается док конкретные задачи. Иначе ни чего хорошего не выходит.