зависит от того, для чего используете: как часто перезаписываете, какие по размеру файлы храните и т.д.
основные критерии:
фрагментация,
надежность,
размер кластера (как итог, объём занимаемого места)
.......
да не помню уже толком. когда нужно было знать, просто полазила по инету, почитала и выбрала для себя оптимальный вариант.

сейчас нтфс мне в принципе не подходит, т.к. юзаю линух, поэтому не заморачиваюсь по данному вопросу.