температуру под виндой утилитками глянь. Поставь режим работы кулера на максимум. посмотри - будет ли грузиться быстрее. Пусть шумно, но для проверки сойдет.

За год она вряд ли высохла. А ты когда пыль протирал, не глянул - у тебя защелка на радиаторе процессорном не отломилась? Правильно ли он установлен?

Далее - если проблема не в перегреве, а именно - ты видишь при работе винды температуру равную 35-45 градусам (это на I семействах интела) - то копаем дальше.

То, что у тебя после сброса батарейки все стало так, как ты описываешь - это нормально, это значит биос сбросился. Не забудь настроить часы и дату, они тоже сбрасываются.

Так, еще - опиши в какой момент у тебя долгое время загрузки? Именно заставка винды? или до заставки винды?
Случаи, когда после каких-то настроек не относящихся к винту - умирал винт - тоже бывали, простое совпадение, стечение обстоятельств, но они настолько редки, что в эту сторону можно пока не копать.

Кстати, простое вытаскивание батарейки помогает не на всех современных платах, зачастую стоит дублирующий элемент питания или резервная плашка биоса - где он хранит дубль настроек на случай сброса. В обычных компах я еще не встречался с таким, у меня мать года три уже живет, есть пить не просит, а в серверных вариантах - так везде.