Скорее всего вирус поставил на файлы атрибуты "скрытый" и "системный". Открой флеху через Total Commander, в настройках Total Commander сделай так чтобы он отображал скрытые и системные файлы. Выдели в Total Commander нужные тебе файлы или папку (скорее всего он на папки эти атрибуты поставил), далее зайди файлы->изменить атрибуты, сними галки с пунктов скрытый и системный. Ну как то так, если конечно это твой случай.