Берите разницу между общим счетчиком и суммой квартирных (за вычетом косячного) и выставляйте счет. Платить конечно никто за него не обязан, но и собственник не обязан оплачивать виртуальные кубометры. Не знаю как насчет обоснования этой позиции в суде, но я думаю что вполне нормально.