Оно того стоит?
1 - Может просто флешка другая
2 - Может копировал кучу мелких файлов, а не несколько больших
3 - Может купить что-то в слот PCI-E или PCI с USB портами, а не менять материнку целиком.

Ну и да, как вариант - сбрось BIOS, вдруг выставлено USB 1.1 или еще какая-то опция.