Во чего нашёл 

ЦИТАТА
С 2013 года все компании "ООО" обязаны вести и сдавать бухучет независимо от формы налогообложения.
ЦИТАТА
У организаций "ООО" штрафы обычно в разы больше. Административная ответственность: максимальный штраф - 1 000 000 рублей
ЦИТАТА
У Компании "ООО" снятие средств с расчетного счета может быть только на какие-либо цели либо выплату дивидендов(9% налог) и в итоге более затратно.
ЦИТАТА
Сложнее ликвидировать(закрыть)
Ну и ещё там по мелочам, включая кассовый аппарт (с регистрацией и обслуживанием), изготовление печатей и т.д. 