Вообще, общая тенденция идет к тому, что PCI-E заметно упадут в цене. В то же время они перешли нижний ценовой порог.
Сравнивать не обязательно. Т.е. тех вычислительных мощностей, которые может позволить агп-шина еще пока не достигли. О PCI-Е и говорить нечего.