В 1980 году Усманов вместе со своим приятелем Насымовым, оперуполномоченным особого отдела КГБ, сыном заместителя председателя КГБ Узбекской ССР, были осуждены на 8 лет лишения свободы по трём статьям Уголовного кодекса: изнасилование, вымогательство и мошенничество[9][10]. Усманов был освобождён условно-досрочно в 1986 году[9] «ввиду искреннего раскаяния» и «за примерное поведение». После освобождения из колонии Усманов организовал для состоятельных иностранцев охоту в горах в Узбекистане[9]. Затем с помощью университетских друзей перебрался в Россию[9]. Первыми бизнесами Усманова в России стал цех по производству полиэтиленовых пакетов на базе Раменского завода пластмасс в Московской области, а также поставки табака[9]. В 1997 году окончил Финансовую академию при Правительстве РФ по специальности «Банковское дело»[9].

В июле 2000 года Верховный суд Узбекистана полностью реабилитировал Усманова, назвав уголовное дело против него сфабрикованным[11]. Однако Крейг Мюррей, экс-посол Великобритании в Узбекистане, утверждает, что Алишер Усманов отбывал наказание заслуженно, так как является насильником, гангстером и рэкетиром, а реабилитировали его только благодаря устоявшимся мафиозным связям[12]. Также Крейг Мюррей настаивает на криминальном происхождении денег российского олигарха[13]. Сам Усманов категорически отрицал, что ему было предъявлено обвинение в изнасиловании[14].

В 2007 году компания, связанная с руководством Лондонского футбольного клуба «Арсенал», наняла частного детектива, для того чтобы расследовать прошлое Усманова[9]. Расследование заняло полгода, в это время детектив посещала Ташкент, после чего сообщила заказчикам, что не получила результатов, пояснив, что власти Узбекистана «запутывают» расследование[9].