Суперкомпьютер Blue Waters позволил смоделировать структуру вируса ВИЧ
© Board of Trustees of the University of Illinois
Для точного моделирования взаимодействия белковых структур вируса ВИЧ, вызывающего СПИД, были учтены взаимодействия более 64 миллионов атомов. Это стало возможным благодаря применению гибридного суперкомпьютера Blue Waters с мощностью порядка петафлопа, установленного в Университете Иллинойса.
30/05/201319:43
МОСКВА, 30 мая — Digit.ru, Игорь Новиков. Структура капсиды (белковой оболочки) вируса ВИЧ, вызывающего СПИД, была установлена благодаря моделированию на суперкомпьютере Blue Waters, сообщает издание Nature.
Применение высокопроизводительного суперкомпьютера для установления точной структуры ВИЧ (вирус иммунодефицита человека) поможет искать новые способы лечения и добиться прорыва в борьбе с заболеванием СПИД (синдром приобретенного иммунодефицита).
Расчеты проводились исследователями Медицинской школы Университета Питтсбурга и сотрудниками Университета Иллинойса, где установлен петафлопный гибридный суперкомпьютер Blue Waters.
© Клаус Шультен (Klaus Schulten)
Вирус ВИЧ
Точная химическая структура белковой оболочки была смоделирована набором из четырех миллионов атомов, объединенных в пента- и гексагональные белковые цепочки. Общее количество уникальных протеинов составило около 1,3 тысячи. Расчёт столь большого количества взаимодействующих частиц за приемлемое время требует колоссальных мощностей. «Вычислительная мощность, использованная для проведения моделирования, стала рекордной за всю историю научных экспериментов — учитывалось взаимодействие 64 миллионов атомов», — сообщил Клаус Шультен (Klaus Schulten) профессор физики Университета Иллинойса.
Компьютер Blue Waters изготовлен компанией Cray и относится ко второму поколению суперкомпьютеров. Он установлен в здании площадью 8,2 тысячи квадратных метров, машинный зал имеет площадь 1,9 тысячи квадратных метров. Система состоит из набора вычислительных модулей Cray XE6 и XK7, а также графическимх процессоров NVIDIA Tesla K20X. Применение специализированных графических процессоров для расчета физических процессов, а не только визуализации позволило значительно повысить мощность суперкомпьютеров в некоторых задачах.
Строительство суперкомпьютера Blue Waters обошлось в 188 миллионов долларов. Эксплуатация HPC-компьютера (High Performance Computing) началась в 2012 году. Он обеспечивает вычислительную мощность около 1 петафлоп на реальных задачах согласно данным Национального центра использования суперкомпьютеров
digit.ru/it/...1953461.html 
