Надолго отключать аккумулятор не совсем правильно.
Могут слететь настройки: положение водительского сиденья, настройки на радиостанции, выбранные световые-звуковые сигналы при закрывании/открывании авто и т.п.
Но это всё мелочи.
А вот если авто запускается с кнопки, то при длительном отключении аккумулятора, авто может «потерять» иммобилайзер.